2019年，繁榮與頹廢共存的新東京飛車黨領隊金田，由於意外事件，救了都市游擊隊的少女惠，兩人因此相識。

金田對於其夥伴鐵雄被軍隊帶到研究室收容一事感到非常懷疑；而被當作實驗體的鐵雄，其體內恐怖的力量亦開始覺醒。

在為了救他而潛入研究室的金田與惠的面前，鐵雄發揮了強大的超能力，而向著阿基拉沈睡著的奧運會場前進。所謂阿基拉，即是31年前第三次世界大戰的導火線，擁有巨大能力的28號實驗體「小明」。

握有軍權的上校，意識到鐵雄超能力的危險性，因而從後追捕，但卻被最高幹部會議視為專橫剛復而予以阻止，上校終於被迫以武力叛變。

出現在春木屋的鐵雄，殺死了老闆，然後對甲斐和山形露出了令人驚恐的微笑。

而，被研究室監禁的金田與惠……。

由於已完全不被最高幹部會議信賴，上校終於毅然決然地以武力奪權。另一方面，強大超能力已漸次覺醒的鐵雄，開始向著沈眠於冷凍艙中的阿基拉前進……。

向著國家機密「阿基拉」迫近的鐵雄，其面前所必須對付的是全副武裝的軍隊！讀者終於也可以一睹引發新東京市內戰的契機「阿基拉」的盧山真面目了！劇情張力在本集故事攀至頂峰！！