這是「人類補完計畫」遭到碇真嗣阻止的世界……
昔日的特務機關NERV重新編組為「NERV JPN」，
在總司令──葛城美里的領導下，已經十七歲的適任者防備使徒捲土重來。
但是，扛起全球使徒偵測殲滅網的「四個」綾波零之一── No.卡特爾突然失控。
真嗣試圖阻止她，卻連同初號機被伽瑪射線雷射轟穿而消失……
從電視動畫第二十四集產生分歧的另一個《新世紀福音戰士》可能性的故事，
經過十年後在此復甦。
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