《飛狐外傳》的故事開始於胡一刀夫婦死後十多年。胡一刀之子胡斐，由平阿四撫養，四處漂泊，依著胡一刀留下的胡家拳譜，自學了胡家刀法。

一日平阿四帶箸少年胡斐在商家堡避雨，遇到飛馬鏢局總鏢頭百勝神拳馬行空，其徒弟徐錚和女兒馬春花，鏢局在堡里遭劫鏢。苗人鳳抱著仍在襁褓中的女兒苗若蘭來尋妻，原來避雨的人中有其離家的妻子南蘭和姦夫田歸農。馬行空暫留商家堡養傷，胡斐和平阿四留下打雜安身。商家堡少主商寶震暗戀年輕貌美的馬春花，但碰巧馬行空無意間聽見堡主夫人商老太留下他們是為死去的堡主商劍鳴報仇，原來當年商劍鳴挑戰苗人鳳不遂，殺害苗人鳳一家，而胡一刀後來為苗人鳳復仇，殺死商劍鳴，自此商劍鳴遺孀商老太視苗人鳳、胡一刀為仇人。

為了讓商寶震死心，商老太遂為馬春花和其師兄徐錚定了親。胡斐暴露身份，商老太視胡一刀為仇人，要治胡斐於死地。捉到胡斐，將其吊起打了個半死，馬春花向商寶震求情。商寶震放下胡斐後並與其繼續打鬥，正好福康安和手下經過商家堡看到打鬥。福康安看上馬春花，在堡里留宿，設計花園巧遇馬春花，結果馬春花珠胎暗結，連其父在鐵鑄石砌的大廳內被商老太燒死也不知。胡斐打鬥過程中遇到紅花會三當家千手如來趙半山為其指點武功，倆人逃出商家堡後結拜為兄弟。福康安害怕紅花會，留下馬春花自己逃回京城。

數年後，胡斐一人闖蕩江湖，將胡家刀法漸漸學成。在四處遊歷探險途中，他遇到了惡棍鳳天南。胡斐欲殺死鳳天南，為民除害，伸張正義。同時，他亦遇到一個武功變幻莫測，四處搶奪掌門人位置的少女袁紫衣。倆人途中漸生情愫，但是每次胡斐差一點可以殺死鳳天南這個惡霸時，袁紫衣皆出手制止，胡斐不解，開始懷疑其是否真心還是設計。在袁紫衣第三次救出鳳天南後，道出了真相，原來袁紫衣是鳳天南強姦其母後所生之女，鳳天南是其親生父親，她答應自己的師傅，救鳳天南三次，三次之後可報母仇。

胡斐懷疑他的父親是武林名俠苗人鳳所殺的，但是每次問平阿四，平阿四都說等他長大了再告訴他。苗人鳳中了田歸農的奸計，深重劇毒，雙目暫時失明。胡斐被苗人鳳的英雄氣概深深折服。他決定幫助苗人鳳，並爲他的雙眼尋找解藥。他遇到了已故毒手藥王的小徒弟程靈素，並目睹她運用冷靜與智慧，打敗自己三個邪惡的師兄師姐。程靈素被胡斐的善良體貼以及高超的武藝打動，答應他去幫苗人鳳治療雙眼。

苗人鳳在養傷的時候和胡斐喝酒暢聊，提到自己確實在十多年前無意中殺死了胡一刀。胡斐明瞭真相後，悲痛萬分，與程靈素離去了。胡斐心中更掛念袁紫衣，決定和程靈素結拜成兄妹，一同遊歷。途中遇到馬春花的鏢隊，原來馬春花後來還是嫁給了徐錚，並有了雙胞胎男孩。福康安遣高手來探望馬春花，一眾高手覺得『鮮花插在牛糞上』，在途中戲弄毆打徐錚。胡斐為報馬春花當年為其求情的恩澤，決定跟著鏢隊保護。胡斐斗走了一波高手離去，豈料更多高手出現，奪走孩子，馬春花披頭散髮追尋。馬春花並不擔心徐錚，但是為救孩子，告訴福康安手下，他們是福康安之子。福康安得到消息，因中年無子，甚是高興，遂接馬春花來京享福。徐錚被已經投靠了福康安勢力的商寶震殺死。馬春花假意走近商寶震與其說話，不料一劍刺死商寶震，為夫報仇。馬春花埋了徐錚，因心裡念著福康安，便跟著手下去了京城。

胡斐和程靈素提前趕到福康安舉辦的天下掌門人大會。馬春花晚上偷偷邀請胡斐去了福康安府邸，想讓其做雙胞胎的師傅，福康安正好撞見，讓手下設計對胡斐下毒手。胡斐無意間聽到福康安和他母親（乾隆的情婦，福康安是乾隆的私生子）的對話，福老太看不上馬春花，要殺母奪子。胡斐趕到時，馬春花已中毒太深。胡斐冒險救下馬春花，抬回住處讓程靈素救治。馬春花哭喊著要兒子，快要命不久矣，若看不見孩子，便會毒藥攻心而死。胡斐為了之前的恩情，不顧程靈素的阻攔，再次進了福康安府邸，巧計奪回了馬春花的孩子。

胡斐和程靈素喬妝參加天下掌門人大會。福康安用乾隆御賜的八個玉杯，八個金杯和八個銀杯做誘惑，讓到場的武林人士比武分高下，欲將江湖武林各派分成三六九等，這其實是福康安企圖引起武林動盪，互相殘殺，並藉機讓朝廷控制武林之奸計。兩個孩子也來到了會場，胡斐想肯定是乘其不在，被福康安手下搶了回來。在打鬥中一妙齡尼姑穿著緇衣芒鞋，手執雲帚出現，竟是袁紫衣，法號圓性，她一直穿著俗衣行走江湖，卻原是出家人。鳳天南也來比武，結果被奸人的銀針射死。在紅花會的幫助下，胡斐，程靈素和圓性揭露了福康安的陰謀，擾亂了大會，並乘亂逃了出來。

胡斐和程靈素途中又遇紅花會的一眾英雄，以及紅花會總舵主陳家洛。因倆人長得實在太像，胡斐把陳家洛錯認成福康安並大罵奸人，知悉真相後跪拜賠禮道歉，陳家洛亦欣賞胡斐為人，不以為意。紅花會的常氏雙胞胎兄弟奪回馬春花孩子。胡斐請求陳家洛假扮福康安，和兩子一起在床前安慰即將死去的馬春花。馬春花彌留之際見到福康安和兒子，微笑著離世。

胡斐和程靈素準備抬著馬春花火化，發現其師兄師姐和師叔乘他們不在時躲在屋裡，在馬春花屍身和衣服上都塗了劇毒。胡斐爲保護程靈素，身中無藥可解的劇毒。程靈素用嘴吸出毒血。彌留之際，程靈素向胡斐示愛。程靈素的慘死，令胡斐萬分悲痛。胡斐欲將程靈素的骨灰埋在父母墳旁，成為一家人，結果遇到苗人鳳妻子南蘭。田歸農來尋南蘭，胡斐躲到墓碑後。南蘭離開後，圓性忽然而至，對著墓碑吐露心聲，胡斐聽見，從墓碑後走出。其時圓性受了重傷，還是趕來告訴他，田歸農在此埋伏。倆人正欲離去，田歸農和福康安的人已將他們圍住，此時人多勢眾，胡斐空手入白刃，敵不過，在危急時刻，南蘭過來，求田歸農讓她在胡斐臨死前跟他說幾句話，並允許胡斐先將程靈素的骨灰埋了。南蘭告訴他，墓碑後埋著寶刀。正是當年因這冷月寶刀，苗人鳳才救下南蘭，並與其結成夫妻。胡斐假意掩埋程靈素的骨灰，得了寶刀，如虎添翼。

田歸農見勢不對，拔足便逃。眾人紛紛逃離，但還是沒絲毫頭緒，不知胡斐這柄寶刀從何而來。胡斐心中感慨，還刀入鞘，將寶刀放回土坑之中，使它常伴父親於地下，再將程靈素的骨灰罈也輕輕放入土坑，撥土掩好。

圓性雙手合十，輕念： 「一切恩愛會，無常難得久。 生世多畏懼，命危於晨露。 由愛故生憂，由愛故生怖。 若離於愛者，無憂亦無怖。」

念畢，悄然上馬，緩步西去。